Topos mediatico per eccellenza dell’alluvione furono, sicuramente, i danni ingenti al patrimonio storico, artistico e culturale della città: un patrimonio universale per il quale tantissimi giovani angeli si spostarono da ogni parte del mondo (Una città sott'acqua).

Anche il patrimonio artistico e culturale dell'Ospedale e l'Ospedale stesso, un gioiello dell'architettura rinascimentale opera del Brunelleschi, furono messi a rischio e furono danneggiati dal fiume impazzito. Certo, l'Istituto era innanzi tutto una casa per bambini in difficoltà ed è a questi piccoli che furono rivolte le principali attenzioni del personale (I nostri bambini).
Tuttavia le pagine della Cronaca ci testimoniano anche la preoccupazione per i possibili danni ai quadri, agli oggetti più o meno prezioni, ai volumi di archivio e alle strutture dell'edificio, così come il lavoro fatto per la loro salvaguardia (C'è un lavoro immane da compiere).
Per quanto riguarda l'Archivio, sappiamo che già alle ore 16 del 4 novembre è minacciato dalle acque che poi evidentemente entrarono e ricoprirono di fango il suo prezioso contenuto. Poi non sappiamo più nulla fino all'8 novembre, quando Don Piccini prese contatto con due padri di Grottaferrata specializzati nel recupero degli Archivi (si occuperanno dei Libri dell'Archivio di ragioneria).
Il giorno successivo i Padri giunsero all'Istituto per un sopralluogo e assicurarono che dal sabato successivo avrebbero iniziato il lavoro di recupero, portando carta e borotalco. Da questo momento la Cronaca registra un via vai di risme di carta assorbente e di carta da stampa comune per interfogliare i documenti.
Curia arcivescovile, padri di Grottaferrata, Sovrintendenza archivistica, Opera del Duomo, ma anche le Cartiere Pigna di Alzano Lombardo inviarono carta in quantità. Nel frattempo arrivarono gli studenti, spesso forniti anche loro di carta, e i militari che con grande efficacia si prestarono al lavoro di recupero dei documenti e di pulizia dei locali che li avrebbero accolti. Non tutti i materiali erano recuperabili e l'impiegato Vannoni allora fu incaricato di selezionare i documenti da scartare. Il 15 novembre la Sovrintendenza archivistica, tramite il Dott. Ristori, confermò che il recupero procedeva in modo lodevole.
Per l'asciugatura dei volumi  il museo di Cortona, che aveva un essicatoio, si offrì di accogliere quelli alluvionati; ma l'Amministrazione valutò che non era il caso di spostare questi documenti. La sovrintendenza, per altro, finanziò l'acquisto di stufe e ventilatori e, almeno i volumi più preziosi, già interfogliati, furono portati nella soffitta sopra le stanze del Baliatico A.
Il 18 novembre i professori americani Pail N. Banke e Carolyn Horton (bookbinder) arrivarono all'Istituto tramite il prof. Procacci e diedero preziosi consigli e indicazioni sul trattamento dei materiali danneggiati.

Cronaca del 10 novembre, ore 15,30: I militari attraverso la finestra sotto la Guidi passano i volumi dal locale allagato. I volontari in catena li lavano e li passano alla Dott.ssa BOREA che con l'aiuto di altri volontari provvede all'interfogliatura e poi a riporre il materiale già trattato in una stanza asciutta.

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