Le sezioni erano il luogo dell'Istituto dove vivevano i suoi piccoli ospiti, con o senza le lori madri.

1. Sezione dei Divezzi: ospitava i bambini dai 2 ai 3 anni. Era posizionata nei locali prospicienti il cortile dell'Archivio, sul lato di via della Colonna.
2. Sezione Guidi: chiamata così in onore del professor Guido Guidi che aveva lavorato per decenni all'interno dell'istituzione per la salvezza dei piccoli. Anche questa sezione si trovava nei locali che guardavano il cortile dell'Archivio e anche qui vivevano alcuni bambini dai 3 ai 4 anni. Al piano superiore, poi, c'erano le sezioni dei lattanti: Lattanti A, bambini soli o con la madre, Lattanti B, bambini dopo il 15° mese di allattamento con permanenza fino al 24°, Lattanti C, lattanti illegittimi primogeniti con le loro madri.
3. Sezione Nido: ci vivevano bambini dai 3 ai 4 anni. I locali si affacciavano su via della Colonna e si ampliavano nel giardino interno dell'Istituto.